1.生物材料：例如，在骨骼组织工程研究中，评估体外制备的仿生材料支架是否符合体内植入的要求；扫描需要置换的组织样品，获取三维图像后转换为STL档，进行快速成形，等等。

2.人体牙齿：例如，采用MicroCT得到的数据图像质量远比传统CT要好很多，而且能过计算机精准地分割出牙冠，牙根和牙根管，得到其结构。

3.小动物骨骼：骨骼是MicroCTzui主要的应用领域，其中骨小梁又是主要研究对象。骨松质和骨皮质的变化与骨质疏松、骨折、骨关节炎、局部缺血和遗传疾病等病症有关。目前，MicroCT技术在很大程度上取代了破坏性的组织形态计量学方法。
4.新药开发。例如，研究新的骨质疏松药物药物及疗效评价，MicroCT已经称为一种重要的临床前检测技术。